Mozaičnost je značilnost naravne in kulturne krajine na slovenskem podeželju. Območje okoli Vodomčevega gaja sestavlja več med seboj tesno povezanih habitatov. Že stik gozda z mokrotnimi travniki kraškega polja in podzemnim kraškim svetom omogoča življenje različnim rastlinskim in živalskim vrstam. Kulturna krajina z mejicami, visokodebelnimi sadovnjaki in obdelovalnimi površinami pa pestrost še poveča.

Tu obstaja več različnih oblik mokrišč. V jarkih, kanalih in mrtvih rokavih voda zastaja večji del leta. Območje je zaradi prisotnosti vode dobrodošel dom številnim pticam, dvoživkam, žuželkam pa tudi mnogim vrstam sesalcev.
Nekateri izmed habitatov, kot denimo gozd in mokrotni travniki kraškega polja, so ostali nespremenjeni več stoletij.
V Vodomčevem gaju so obnovljena mokrišča, ki so tudi sicer bila značilna za kraško Grosupeljsko polje ob Podlomščici pred izsuševanjem. Prav tako mejice in visokodebelni sadovnjak. Ustvarjeni so z namenom ohranjanja biotsko pomembnih habitatov za številne živalske vrste.